Seperti yang sudah dibahas sebelumnya bahwa aquascape adalah ekosistem buatan yang terisolasi, berbeda dengan di alamnya air yang terus berganti yang dapat mengontrol kualitas air. Sistem filter adalah salah satu kunci suksesnya dalam keberhasilan aquascape, selain menjaga kualitas air agar tetap jernih, tetapi juga sehat bagi lingkunganya. Filter merupakan jantung dari aquarium, karena berkerja terus menerus maka pemeliharaannya harus teratur agar berfungsi efisien, salah satu permasalahan diaquascape adalah minimnya membersihkan filter yang mengakibatkan turunnya kualitas air sehingga berdampak pada ikan dan tanaman yang hidup di dalam aquascape. Pembersihan media filter sebaiknya menggunakan air lama yang ada di dalam aquarium, hindari pembersihan yang sangat bersih dengan menggunakan deterjen atau air panas yang mengakibatkan matinya kumpulan bakteri pengurai yang sudah terbentuk.